Cycling probe법은 RNA (RNA와 DNA의 chimera) probe와 RNase H를 조합한 고감도 검출법으로 증폭 중이나 증폭 후의 유전자 단편의 특정 서열을 높은 효율로 검출할 수 있다. Probe는 RNA 부분을 사이에 두고 5’말단은 형광 물질로, 3’말단은 quencher로 표식된다. 이 probe는 일반적인 상태에서는 quencher에 의해 강한 형광을 발할 수 없지만, 증폭 산물 중의 상보적인 서열과 하이브리드(hybrid)를 형성하고, RNase H에 의해 RNA 부분이 절단되면 강한 형광을 나타내며, 이 형광 강도를 측정하여 증폭 산물량을 모니터 할 수 있다. Probe의 RNA 부분이 mismatch를 형성하면 RNase H에 의해 절단되지 않기 때문에 단일 염기의 차이도 인식할 수 있을 정도로 매우 특이성이 높은검출 방법이다.  

    Single nucleotide polymorphism (SNP) typing을 할 경우에는 다형성을 나타내는 부위를 커버하도록 RNA 부분을 설정하고, 형광 표식이 각각 다른 wildtype과 변이형의 Cycling probe를 디자인한다. 이러한 probe와 RNase H 존재하에서 검색하고자하는 다형 부위를 포함한 영역을 PCR로 증폭하고 RealTime에 형광 강도의 변화를 모니터링 함으로써 신속하고 정확한 typing이 가능하다.