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Universal Buffer · Basal Buffer에 의한 제한효소 활성 표시 시스템

Universal buffer 및 basal buffer에서의 제한효소 상대활성 비교

당사의 제한효소에는 최적의 universal buffer (5종의 universal buffer 중 1종, 아래에서 하늘색으로 표기)가 함께 제공된다. 최적의 universal buffer에서의 각 효소 활성을 100%로 표기, 그 외에 다른 universal buffer에서의 상대활성은 최적의 universal buffer 대비 상대 활성으로 표기하였다.
( ) 안의 수치는 star activity 활성에 영향을 받을 가능성이 있는 버퍼를 나타내며, 이러한 활성을 방지하려면 파란색이나 분홍색으로 강조 표시된 버퍼를 사용하는 것이 좋다.
몇몇 특정 제한효소 (Acc III, Bal I, Bcn I, Bgl I, Bpu1102 I, Cfr10 I, Eco52 I, Nru I, PshB I, SnaB I, Ssp I, Taq I 및 VpaK11B I)는 각 제한효소에 특화된 basal buffer와 함께 제공되며, 이러한 basal buffer의 성분은 제한효소에 따라 다르다.

아래의 표에서 universal buffer에 따른 제한효소의 상대활성과 buffer 사용 가이드를 확인할 수 있고, 그 외에 Double digestion에 대한 자세한 내용은 ‘Double digestion buffer 선택가이드’ 페이지를 참고한다.

제한효소	상대 활성 (%)
제한효소	L	M	H	K	T + BSA	Basal***
Aat II	<20	<20	<20	<20	100	120
Acc I	20	100	<20	(<20)	160	80
Acc II	(260)	100	<20	20	200	160
Acc III	(<20)	(<20)	20	(80)	(<20)	100
Afa I	60	60	40	60	100	100
Afl II	20	80*	<20	<20	140	120
Alu I	100	100	<20	40	200	120
Aor13H I	<20	20	<20	80*	80	100
Aor51H I	80	100	<20	20	120	120
Apa I	100	<20	<20	<20	<20	120
ApaL I	100	20	<20	<20	120	120
Ava I	(<20)	100	20	40	100	120
Ava II	80	100	<20	20	100	100
Bal I	20	20	<20	<20	40	100
BamH I	(<20)	<20	40	100	(<20)	80
Ban II	(120)	(120)	100	80	(100)	100
Bcn I	<20	20	40	60	60	100
Bgl I	<20	<20	20	40	<20	100
Bgl II	<20	20	100	(100)	(60)	100
Bln I	<20	20	40	100	20	120
BmeT110 I	<20	<20	20	100	<20	140
BmgT120 I	<20	<20	100	40	<20	240
Bpu1102 I	<20	<20	<20	40	60	100
BspT104 I	100	60	<20	<20	100	120
BspT107 I	<20	20	80	100	20	100
Bsp1286 I	100	20	<20	<20	60	100
Bsp1407 I	20	60	20	20	100	100
BssHI I	100	100	60	20	140	100
BstP I	(<20)	(60)	100	(100)	(100)	100
BstX I	<20	40	100	<20	<20	120
Bst1107 I	(<20)	60	100	100	40	100
Cfr10 I	(<20)	(<20)	(<20)	40	(20)	100
Cla I	40	100	120	100	60	100
Cpo I	<20	<20	80	100	<20	100
Dra I	100	100	60	100	80	80
Eae I	60	100	<20	<20	120	160
EcoO65 I	(20)	(60)	60*	40	40	100
EcoO109 I	100	60	<20	<20	100	160
EcoR I	(20)	(100)	100	(120)	(80)	120
EcoR V	(<20)	(40)	100	(120)	(40)	100
EcoT14 I	(<20)	(40)	100	120	(60)	100
EcoT22 I	<20	20	100	(140)	(20)	120
Eco52 I	<20	<20	<20	<20	<20	100
Eco81 I	<20	100	<20	<20	100	160
Fba I	(<20)	(<20)	(80)	100	(20)	100
Fok I	(20)	(60)	<20	<20	(200)	100
Hae II	80	100	<20	80	140	100
Hae III	60	100	100	60	100	100
Hap II	100	60	<20	<20	100	80
Hha I	80	100	100	120	120	100
Hinc II	20	100	20	40	100	80
Hind III	(60)	100	<20	200	(100)	80
Hinf I	80	100	100	160	60	100
Hin1 I	40	80*	<20	20	60	160
Hpa I	<20	(40)	20	100	(80)	100
Kpn I	100	60	<20	<20	(100)	80
Mbo I	20	40	60	100	40	100
Mbo II	100	60	<20	<20	60	100
Mfl I	100	80	<20	<20	80	100
Mlu I	60	60	100	(100)	60	100
Msp I	80	80	<20	100	100	80
Mun I	(200)	100*	<20	<20	160	100
Mva I	(<20)	(40)	80	100	(20)	120
Nae I	100	<20	<20	<20	100	120
Nco I	(40)	(60)	20	60*	(60)	160
Nde I	<20	40	100	100	80	100
Nhe I	(120)	100	<20	<20	(160)	100
Not I	(<20)	(<20)	20**	<20	(<20)	100
Nru I	0	<20	20	20	<20	100
Nsb I	40	20	<20	60	100	100
PmaC I	100	80	<20	<20	100	100
PshA I	20	40	<20	100	60	160
PshB I	(20)	(40)	20	40	40	100
Psp1406 I	20	60	<20	<20	100	100
Pst I	(<20)	(60)	100	80	(20)	80
Pvu I	(<20)	(20)	(40)	80*	(40)	120
Pvu II	(80)	100	40	<20	(40)	100
Sac I	100	60	<20	<20	80	80
Sac II	40	20	<20	<20	100	40
Sal I	<20	<20	100	(20)	<20	120
Sau3A I	(60)	80	100	<20	(80)	100
Sca I	(<20)	(<20)	100	(60)	(<20)	100
Sfi I	(40)	100	<20	<20	100	100
Sma I	<20	<20	<20	<20	100	100
Smi I	<10	<20	100	40	<10	100
SnaB I	(20)	(40)	<20	<20	(40)	100
Spe I	(80)	100	80	100	(80)	100
Sph I	(20)	(40)	100	120	(20)	100
Sse8387 I	(120)	60*	<20	<20	(60)	100
Ssp I	(<20)	(60)	40	(100)	(80)	100
Stu I	60	100	60	80	140	100
Taq I	40	80	60	60	80	100
Tth111 I	(20)	80	40	100	(80)	120
Van91 I	<20	(20)	60	100	(60)	100
VpaK11B I	<20	<20	60	(40)	<20	100
Xba I	<20	80*	20	<20	120	120
Xho I	<20	60	100	160	60	100
Xsp I	<20	60	<20	100	160	100

하늘색: 제한효소와 함께 제공되는 universal buffer
분홍색: 대안으로 권장하는 buffer

*+0.01% BSA → 100% Afl II, EcoO65 I, Fok I, Hin1 I, Mun I, Nco I, Pvu I, Spl I, Sse8387 I, Xba I
**+0.01% BSA + 01% Triton X-100 → 100% Not I
*** Basal buffer의 조성은 효소별로 다릅니다.

■ Loading buffer 사용
모든 제한효소는 1% SDS, 50% glycerol, 0.05% bromophenol blue가 포함된 10X loading buffer (1㎖)가 함께 제공된다. 10X loading buffer의 1/10을 추가하여 제한효소 반응을 중지하고 agarose gel에 로딩한다.

(Note) SDS는 실온에서 보관하는 동안 침전물이 발생할 수 있다. 이 경우 미지근하게 데워 침전물을 녹인 후 사용한다.

■ Universal buffer 사용
Universal buffer는 10X 농도로 제공되며 반응액의 1/10 부피를 추가하여 사용한다.
10X T buffer에는 BSA가 포함되어 있지 않으므로, 최종농도 0.01%가 되도록 BSA를 첨가하여 반응에 사용한다.
일부 제한효소는 BSA나 Triton X-100을 반응액에 첨가하면 100% 활성을 나타내는 것으로 예측된다.
제한효소와 함께 제공되는 BSA와 Triton X-100는 10X 농도 (0.1%)로 제공되므로, 반응을 시작하기 전에 반드시 반응액의 1/10 부피만큼 추가해서 반응한다.

■ Universal buffer 조성

Universal buffer	Composition
10X L	100 mM Tris-HCl (pH 7.5)
	100 mM MgCl₂
	10 mM Dithiothreitol
10X M	100 mM Tris-HCl (pH 7.5)
	100 mM MgCl₂
	10 mM Dithiothreitol
	500 mM NaCl
10X H	500 mM Tris-HCl (pH 7.5)
	100 mM MgCl₂
	10 mM Dithiothreitol
	1,000 mM NaCl
10X K	200 mM Tris-HCl (pH 8.5)
	100 mM MgCl₂
	10 mM Dithiothreitol
	1,000 mM KCl
10X T (BSA-free)	330 mM Tris-acetate (pH 7.9)
	100 mM Mg-acetate
	5 mM Dithiothreitol
	660 mM K-acetate
0.1% BSA dissolved in sterile water
0.1% Triton X-100