Takara의 일반 competent cell의 표준 형질전환 효율은 1×10⁸ transformants/μg plasmid DNA 정도이지만, electroporation competent cell은 일반적인 competent cell 대비 10배 정도 효율이 높습니다. 일반적인 competent cell에서는 특별한 장치를 사용 없이, 간단한 조작으로 plasmid 도입을 실시할 수 있습니다. Size가 큰 plasmid 또는, library 제작시에는 electroporation competent cell을 이용하면 높은 transformation 효율을 얻을 수 있습니다.

대장균은 외래 DNA를 절단하는 성질을 가지고 있기 때문에, 일부 methylated DNA나 PCR 산물 등 염기가 수식되어 있지 않은 DNA는 절단됩니다. 위와 같은 이유로, 포유류 genome DNA나 methylated cDNA (library 제작시), PCR 산물을 cloning하는 경우에는 제한-수식(restriction-modification) 유전자 (mcrA, mcrB 등)를 결손한 대장균주를 사용합니다. 한편, 일부 제한효소 (Xba l 등)는 methylated plasmid DNA를 절단할 수 없기 때문에, dam, dcm methylase 등의 methylation계 유전자의 일부를 결손한 대장균주로 plasmid를 복제해야 합니다. 다카라바이오에서는 다양한 competent cell을 제공하고 있으므로 사용하는 plasmid나 실험 목적에 적합한 제품을 사용하면 됩니다. Cloning 실험에는 일반적으로 E. coli K12주 유래의 대장균주가 사용됩니다. 그러나 BL21계의 대장균은 형질전환 효율이 낮아 cloning 실험에는 적합하지 않습니다.

Chemical competent cell의 경우, plasmid size가 10 kb를 넘으면 transformation 효율이 50% 이하로 떨어지고, 18 kb에서는 약 10% 정도로 감소하게 됩니다. Plasmid의 size가 증가하면 형질전환 효율이 저하되지만, 40 kb 정도의 adenovirus plasmid도 chemical competent cell로 cloning 가능합니다(pUC계의 plasmid의 경우, size 증가에 따라 복제와 분리 단계가 불안정하여 sub cloning이 효율이 떨어집니다. Size가 큰 DNA 또는 안정성에 문제가 있는 DNA는 pBR계의 low copy plasmid를 사용하면 cloning 효율이 증가 됩니다). 같은 K12주의 대장균도 유전자 변이 형태에 따라 큰 size의 plasmid 형질전환 효율이 다르기 때문에, BAC 등 100 kb 정도의 큰 DNA의 도입에는 E.coli HST08 Premium Electro Cells (Code 9028)의 사용을 권장합니다.

대장균의 transformation에는 일반적인 제품을 사용하여 정제한 DNA로 충분하고, 100 μl의 competent cell에 10~1,000 pg 정도의 plasmid DNA를 사용합니다. Electroporation competent cell을 사용할 경우, 정제된 DNA에서 염을 완전히 제거를 위해, DNA를 TE buffer나 멸균수에 용해한 것을 사용합니다.

Transformation 후 정확한 insert를 포함한 clon이, 작은 colony를 형성하는 경우가 있습니다. 또한, 2 mm 정도의 colony 주변에 생기는 다수의 작은 colony는 satellite colony로 불리며 plasmid가 삽입되어 있지 않습니다.

일반적으로, cloning 조작에는 유전자 전달에 관여하는 F 인자, R 인자를 가지지 않는 대장균주가 사용되고 있기 때문에 전달성이나 감염성은 없습니다.