cfDNA / cfRNA NGS 분석을 위한 추천 제품
Cell-free Nucleic Acid Sequencing
Cell-free nucleic acid로부터 더 짧은 시간으로, 더 좋은 결과를
액체 생검 (Liquid-biopsy) 분석법 개발의 스피드업!
“SMARTer® ThruPLEX® Plasma-Seq Kit는 따라하기 매우 쉽고, 간소화된 프로토콜을 가지고 있습니다. 가장 중요한 것은 clean-up 단계가 매우 적다는 것입니다. 우리는 1 ng의 시료로 성공적으로 NGS library를 제작하였습니다.”
Dr. Charlie Massie, UNIVERSITY OF CAMBRIDGE
[Cell-free DNA (cfDNA)]
SMARTer® ThruPLEX® Plasma-Seq Kit for cell-free DNA (cfDNA)
효율적이고 간결한 프로토콜 (streamlined protocol)은 더 적은 양의 샘플로 매우 짧은 hands-on-time을 통해 더 빠른 결과를 얻을 수 있을 뿐만 아니라, 샘플 간, NGS run 및
실험자 간의 오차를 줄일 수 있어, 보다 재현성과 신뢰성이 높은 결과를 제공할 수 있다.
SMARTer® ThruPLEX® Plasma-Seq Kit는
cell-free DNA 분석을 위해 개발되었으며, 최적화 되어있다.
이 혁신적인 제품의 장점은 아래와 같다.
- Single-tube workflow: Tube transfer와 정제 과정 불필요
- Ultra-fast protocol: 3단계 프로토콜로 2시간에 제작 완료
- Optimized reagents: 적절한 adapter 농도로 최적화 되어있어 정량 불필요
- Superior performance: high-complexity NGS library 제작은 물론, 재현성 있는 결과 도출 가능
그림 1. 실험 단계와 Pipetting 횟수 감소로, 실험의 재현성과 민감도 증가
SMARTer® ThruPLEX® Plasma-Seq Kit로 library를 제작한 결과, 9개의 혈장 샘플 (Plasma sample)간의 현저하게 적은 오차로 높은 재현성을 보였을 뿐 아니라, Human Genome의
GC coverage에 대해 편향성이 없는 데이터를 얻을 수 있었다. Library는 1 ㎖의 혈장 샘플로부터 얻어진 cell-free DNA로부터 제작하였고, Illumina® NextSeq® 500를 이용해 분석하였다.
NEBNext® Ultra libraries는 각각 다른 네 개의 혈장 샘플을 사용하였다.
SMARTer
® ThruPLEX
® 기술의 뛰어난 성능은 cell-free DNA 샘플을 이용한 실험의 한계를 극복할 수 있을 뿐만 아니라, 액체 생검 분석의 영역을 발전시킴으로써 임상 효용성을 검증할 수 있다.
①
Kitzman et al.은 비침습적인 방법으로 태아의 유전체 서열을 분석하기 위하여, SMARTer
® ThruPLEX
® Plasma-Seq Kit를 이용해 모체의 혈장에서 추출한
cell-free DNA의 NGS Library를 제작하였다.
②
Murtaza et al.은 비침습적 방법으로 얻어진 환자의 cell-free DNA를 이용해 치료 전후의 환자의 종양 변화를 모니터링 하고자, SMARTer
® ThruPLEX
®
Plasma-Seq Kit를 이용하여 ctDNA에 대한 Whole Exome NGS분석을 실시하였다.
③ 최근,
위스콘신 의과대학과 Mayo Clinic의 연구자들은 전립선암, 폐암, 대장암의 cell-free DNA 바이오마커를 규명하기 위해 SMARTer
® ThruPLEX
® Plasma-Seq Kit를
적용하고 있다 (아래의 Webinar를 참조하세요).
[Cell-free RNA (cfRNA)]
SMARTer® Stranded Total RNA-Seq Kit v2-Pico Input Mammalian for cell-free RNA (cfRNA)
Cell-free RNA 분석을 위해서는 민감도 높은 Illumina
®용 stranded NGS library 제작이 필요하며, 이를 위해, 다카라바이오는
SMARTer® Stranded Total RNA-Seq Kit v2-Pico Input Mammalian (이하, Pico v2)를 제공한다. 이 제품은 혈장이나 다른 생체액 (biofluid)로부터 유래된 cell-free RNA
(250 pg -10 ng total RNA)를 이용해 고품질의 stranded NGS library를 6시간 만에 제작할 수 있다. 아래의 데이터는 일반적으로 권장하는 1 ng RNA의 양을 사용하였을
때와 150 pg의 아주 적은 양의 RNA을 사용하였을 때의 데이터로, 본 제품이 얼마나 높은 민감도를 가지는 지를 확인할 수 있다.
더 많은 정보를 보시려면,
Technical Note를 참조하세요.
그림 2. Pico v2를 이용한 pico gram 수준의 cell-free RNA 고감도 분석
SMARTer® Stranded Total RNA-Seq Kit v2-Pico Input Mammalian의 추천하는 RNA input 양은 1 ng이지만, 더 적은 양의 cell-free RNA로 고품질의 NGS library를 감도 있게
제작 가능하다. 본 데이터는 150 pg과 1 ng을 이용했을 때, Pico v1과 Pico v2의 성능을 비교하였다. Pico v2는 낮은 ribosomal reads, mitochondrial reads 를 나타내었으며
높은 유전자 검출 수와 보다 향상된 성능을 보였다.
References
Kitzman, J.O.
et al. Noninvasive Whole-Genome Sequencing of a Human Fetus.
Sci. Transl. Med. 4, 137-176 (2012).
Murtaza, M.
et al. Non-invasive analysis of acquired resistance to cancer therapy by Sequencing of plasma DNA.
Nature 497, 108-112 (2013).
[제품정보]
