- Complete BCR repertoire profiling: SMART® 기술과 5’ RACE법을 접목시켜 모든 mouse BCR heavy chain (IgG, IgM, IgA, IgD, IgE)과 light chain (IgK, IgL)을 고감도로 검출 가능
- 다양한 input range: 10 ng - 1 ㎍의 high-integrity RNA (RIN>7) 샘플에 적용 (mouse spleen, bone marrow, lymph nodes, whole blood, PBMC)
- 간단한 워크플로우: heavy, light immunoglobulin chain에 대한 primer pool과 enzyme premix 제공
- 정확도 향상: UMI 기반으로 PCR duplicates, errors를 보정하여 clonotype diversity및 abundance assessment를 정확하게 검출 가능
- 유연성: Full-length V(D)J region 혹은 CDR3를 각각 시퀀싱할 수 있으며, 최대 384개 UDI로 multiplex 가능
- High-throughput 실험에 적용 가능: miniaturization 및 automation 가능
제품설명
SMART-Seq® Mouse BCR (with UMIs)을 사용하면 모든 BCR isotypes (heavy chain IgA/D/E/G/M, light chain IgK/L)의 mouse BCR 서열을 검출할 수 있다. SMART (Switching Mechanism at 5' end of RNA Template) 기술을 이용하는 본 제품은 NGS와 5'-RACE를 결합하여 mouse B세포의 full-length V(D)J 서열을 분석한다.
본 제품은 넓은 범위의 total RNA input (10ng - 1 ㎍, RIN>7)을 허용하며, mouse spleen, bone marrow, peripheral blood mononuclear cells (PBMCs), 또는mouse 혈액이나 림프절에서 추출한 RNA를 포함한 다양한 샘플 유형에도 적용할 수 있다.
제품 내에는 primer pool과 enzyme premix가 포함되어 있어 BCR library 제작 과정을 간소화한다. 또한 Unique molecular identifiers (UMIs)가 워크플로우에 포함되어 있어 데이터 분석 중 PCR bias 및 시퀀싱 에러를 제거하여 정확한 분석이 가능하다. 또한 본 제품은 Unique Dual Index Kits (Code 634752-56, 별도 판매)와 호환되어 최대 384개의 BCR library를 pooling 후 단일 flow cell을 이용할 수 있어 시퀀싱 비용을 절감할 수 있다. 프로토콜 또한 automation 친화적이므로 쉽게 miniaturization할 수 있어 반응 당 비용을 줄이고 처리량을 늘릴 수 있다.
본 제품과 Unique Dual Index Kits (Code 634752-56)로 제작된 library는 시퀀싱 유연성이 높고, 모든 Illumina sequencer에서 시퀀싱이 가능하다. 더 많은 데이터가 필요한 경우 full-length V(D)J 영역을 시퀀싱하고, CDR3 영역을 선택하여 시퀀싱 비용을 절약할 수도 있다.
그림 1. SMART-Seq® Mouse BCR (with UMIs) 기술 및 워크플로우.
다카라의 독자적인 SMART® 기술을 이용하여 cDNA를 합성하고, 5’ RACE 방법으로 BCR 전사체의 전체 V(D)J 가변 영역을 capture 한다. 또한 데이터 분석 중 PCR error 교정 및 clonotype의 정확한 정량화를 위해 워크플로우 과정에서 unique molecular identifiers (UMIs)를 부가한다. 그 결과 전체 BCR heavy chain및 light chain의 가변영역을 포함하는 sequencing-ready library가 완성된다.
그림 2. 뛰어난 감도로 모든 BCR clonotype을 검출한 mBCRv2 (SMART-Seq® Mouse BCR (with UMIs)).
패널A. 본 제품을 이용하여 mouse spleen RNA 10 ng, 100 ng, 1,000 ng으로 BCR heavy chain (IgA/D/G/E/M)과 light chain (IgK/L) library를 제작하였고, input 양에 따라 clonotype 수가 증가하는 것을 확인하였다.
패널B. SMART-Seq® Mouse BCR (with UMIs)는 감도가 높아 더 많은 heavy chain과 light chain의 clonotype을 검출할 수 있었다.
적용
ㆍ 조직 및 순환계에서 B세포 clonal organization의 다양성을 분석하여 B세포 분화 pathway 및 기능에 어떤 영향을 미치는지 이해
ㆍ 감염병에 대한 더 나은 백신이나 치료를 위해 affinity가 높은 BCR 검색
ㆍ HIV 및 기타 질병에 대한 mouse 질병 모델에서 면역반응 후 항원 특이적 B세포의 변화와 이동 추적
ㆍ 시간이 지남에 따라 새로운 epitope에 대한 자가항체의 발달과 이것이 루푸스와 같은 자가면역 질환의 중중도와 어떻게 연관되는지 BCR 서열을 연구
구성품 (자세한 내용은 CoA를 참조하세요)
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