- High-throughput Single Cell analysis : 1,200~1,500개의 단일세포의 sequence 데이터를 한번에 획득
- 한 번 실험에서 최대 8가지 다른 세포 샘플 분석 가능
- mRNA 3' 말단에서 유래한 서열만 해석하여 유전자 발현 차이 분석에 필요한 Read 수를 줄일 수 있음.
- Illumina사 NGS Sequencer platform적합한 library 제작
SMART technology를 이용한 단일세포 RNA-seq library구축과 SMARTer ICELL8시스템의 세포분리와 세포선택능력을 조합하여, 최대 8종류의 샘플로부터의 단일 세포의 gene differential expression
해석을 위한 Illumina sequencer library를 제작할 수 있습니다.
세포 샘플의 염색 및 희석 후 SMARTer ICELL8 cx시스템을 사용하여 세포를 SMARTer ICELL8 cx 3'DE Chip상의 5,184개의 nano well에 분주합니다. 그 후, 전용 소프트웨어 CellSelect Software를 사용하여,
살아있는 단일 세포를 포함한 well을 선택합니다. 해석하고자하는 세포를 선택한 후 그 해당 well에 RT-PCR시약을 분주, 1회 반응으로 cDNA합성 및 증폭을 chip 내에서 실시합니다. RT-PCR후
각 well의 cDNA를 한 tube에 모아서, 정제하고 transposase에 근거한 방법으로 mRNA 3'말단 cDNA를 농축한 뒤 Illumina index 를 넣고, PCR증폭하여 sequencing용 library를 준비합니다.
3'DE 해석에 UMI을 사용하는 경우와 UMI을 사용하지 않는 경우 필요한 시약이 다릅니다. 자세한 것은 아래의 표 1.을 참고해 주세요.
표 1. 3'DE발현 해석에 UMI을 사용하는 경우와 UMI을 사용하지 않을 경우의 제품 선택에 대해서
|
UMI를 사용하지 않을 경우 |
UMI를 사용하는 경우 |
필요시약 |
ㆍ SMARTer ICELL8 cx 3' DE Chip(Code 640199) |
ㆍ SMARTer ICELL8 Collection Kit(Code 640048) |
ㆍ SMARTer ICELL8 cx Loading Kit(Code 640197) |
ㆍ SMARTer ICELL8 3' DE Reagent Kit(Code 640167)
: 역전사효소 포함 |
ㆍ SMARTer ICELL8 3' DE for UMI Reagent Kit (Code 640005)
: 역전사 효소 미포함, 별도 구매 |
protocol |
1 Step RT-PCR |
2 Step RT-PCR |
Cell lysis |
동결융해 (-80℃, 30 min)와 Triton |
동결융해 (-80℃, 30 min) |
MSND 384-well Source Plate and Seals는 세포 현탁액(Cell suspension)의 분주에 이용하는 source plate와 seal의 세트입니다. 표 1의 필요 시약 외에 구입이 필요합니다.
Cell suspension 준비 조건검토와 분주테스트를 할 때에는 각 well에 preprinted oligo(dT) primer가 미포함된 Blank Chip을 이용하십시오.
내용
SMARTer ICELL8 3' DE Reagent Kit(Code 640167)
ㆍBox 1: Control K562 Total RNA (1 μg/μl)
ㆍBox 2: MgCl2 (1 M)
ㆍ5X First-Strand Buffer
ㆍSeqAmp PCR Buffer (2X)
ㆍSMARTScribe Reverse Transcriptase (100 U/μl)
ㆍSeqAmp DNA Polymerase
ㆍTriton X-100 (10％)
ㆍSMARTer ICELL8 3' DE Oligo Mix
ㆍDTT (100 mM)
ㆍGC Melt (5 M)
ㆍdNTP Mix (25 mM each)
ㆍSecond Diluent (100X)
ㆍICELL8 Fiducial Mix (1X)
ㆍRNase Inhibitor (40 U/μl)
ㆍPrimer P5 (5 μM)
ㆍNuclease-Free Water
SMARTer ICELL8 3’ DE for UMI Reagent Kit (Code 640005)
ㆍFiducial Mix
ㆍSecond Diluent
ㆍAmplification Primer
ㆍRT E5OLIGO
ㆍNextera Primer P5
SMARTer ICELL8 Collection Kit (Code 640048)
ㆍCollection Fixture
ㆍCollection Tube
ㆍCollection Film
SMARTer ICELL8 cx Loading Kit (Code 640197)
ㆍOptical Imaging Film
ㆍSealing Film
ㆍBlotting Paper
ㆍSmartChip Intermediate Film
MSND 384-well Source Plate and Seals (Code 640018)
ㆍ2 packs 384-Well Source Plate Seals (10 per pack)
ㆍ1 pack 384-Well Source Plate (20 per pack)
보존
SMARTer ICELL8 cx 3' DE Chip : 실온
SMARTer ICELL8 Collection Kit : 실온
SMARTer ICELL8 cx Loading Kit : 실온
MSND 384-well Source Plate and Seals : 실온
Control K562 RNA-70℃
기타 : -20℃
