- Complete BCR repertoire profiling : SMART 기술과 5’ RACE법을 접목시켜 all human BCR heavy chain (IgG, IgM, IgA, IgD, IgE)과 light chain (IgK, IgL)을 고감도로 검출할 수 있다.
- Unique Dual Index Kit (별매)와 호환 : 목적에 따라 multiplexing이 가능하며, 최대 384개의 샘플을 한번에 분석할 수 있다. UDI를 적용하여 high-throughput기기에서 index hopping을 낮출 수 있다.
- 넓어진 input range : PBMCs의 high-integrity RNA (10 ng–1 ㎍), B cells (1–100 ng), spleen 또는 bone marrow (10 ng), whole blood (100 ng) 모두 적용 가능
- 정확도 향상 : UMI 기반으로 PCR duplicates, errors 보정
- 간단한 워크플로우 : heavy, light immunoglobulin chain에 대한 primer pool과 enzyme premix 제공
- High-throughput workflow를 위한 automation system 적용과 miniaturization 가능
제품설명
SMART-Seq® Human BCR (with UMIs)은 5’ RACE기술 (Rapid Amplification of cDNA Ends)과 NGS 분석 기법을 조합한 제품으로, RNA 샘플로부터 아주 민감하고 정확한 BCR profiling을 위한 최적화된 시스템을 제공한다.
SMART (Switching Mechanismat 5' end of RNA Template) full-length cDNA합성기술을 5’RACE법과 접목시켜 B-cell receptor (BCR) heavy chain과 light chain (IgK/L)의 V(D)J variable region을 완전하게 캡처한다.
본 제품은 peripheral blood mononuclear cells (PBMCs)에서 추출한 10 ng - 1 ㎍ total RNA 또는 B cell로부터 추출한 1 - 100 ng total RNA로부터 고품질의 Illumina® ready library를 제작할 수 있으며, Human immunoglobulin IgG, IgM, IgA, IgD, IgE, IgK, IgL을 고감도로 검출할 수 있다.
제품 내에는 Unique Molecular Identifiers (UMIs)를 포함하고 있어, PCR 혹은 sequencing error로부터 유래한 reads를 제거한 후 분석함으로써 보다 정확하고 신뢰도 있는 결과를 얻을 수 있다. 또한 최대 384개의 multiplex Illumina library prep이 가능한 UDI (Unique Dual Index Kit : 별도 판매)를 사용하기에 index hoping으로 인한 다른 library 샘플 유래의reads 오염을 방지할 수 있다.
그림 1. SMART-Seq® Human BCR (with UMIs)의 workflow
SMARTScribe Reverse Transcriptase를 이용하여 1st strand cDNA를 합성하며 mRNA 5'말단에 이르면 template에서 유래하지 않은 nucleotide (3'-XXXX-5')가 부가된다. 이렇게 부가된 non-templated nucleotide에 SMART UMI Oligonucleotide가 결합하고, 이후 역전사 반응에 의해 SMART UMI Oligonucleotide 서열에 상보적인 nucleotide가 추가로 합성된다 (Template-switching step). 이 과정에서 합성된 1st strand cDNA는 두 단계의 gene specific PCR amplification 과정 (Nested PCR)을 거치게 된다. Nested PCR을 거친 PCR 산물은 대부분의 reads가 BCR transcriptome에 mapping된다.
그림 2. 다양한 RNA input 양에서 높은 감도 및 재현성으로 clonotype 검출
SMART-Seq® Human BCR (with UMIs)을 사용하여total human PBMC RNA 10, 100, 1,000 ng으로부터 Human BCR heavy chain (IgA/D/E/G/M) 및 light chain (IgK/L) libraries를 만들었다.
Sequence read를 Cogent NGS Immune Profiler Software를 사용하여 분석한 결과, 샘플 양에 관계없이 안정적인 결과가 얻어졌다.
구성품 (자세한 내용은 CoA를 참조하세요)
Box 1:
- Control Total RNA (1 ㎍/㎕) ※
- SMART UMI Oligo
Box 2:
- dT Primer
- First-Strand Buffer (5X)
- SMARTScribeTM Reverse Transcriptase (100 U/㎕)
- Nuclease-Free Water
- BCR Enhancer
- RNase Inhibitor (40 U/㎕)
- Elution Buffer (10 mM Tris HCl, pH 8.5)
- hBCR PCR1 Universal Forward
- hBCR PCR Reverse
- hBCR PCR2 HC Reverse
- hBCR PCR2 LC Reverse
- PrimeSTAR® GXL Premix
※ Control RNA is human spleen Total RNA.
보존
Box 1 : -70℃
Box 2 : -20℃
BCR Enhancer, Nuclease-Free Water: -20℃ 보관, 융해 후에는 4℃ 보관
Elution Buffer: -20℃ 보관, 융해 후에는 실온 보관
그 외 : -20℃
관련 제품
- Multiplexed sequencing libraries 제작을 위한 Unique Dual Index Kit (Code 634756 외)
- TCR repertoire를 탁월한 감도로 분석 SMART-Seq ® Human TCR (with UMIs) (Code 634780 외)
- 정확도 높은PCR 반응을 위한 2X premix PrimeSTAR® GXL Premix (Code R051A 외)
- DNA purification & size selection을 위한 SMARTer®-Seq™ Magnetic Separator-PCR Strip (Code 635011)
